Vykolejení nákladního vlaku 10. srpna 2023 způsobilo mnohem větší škody, než se původně očekávalo. 7 kilometrů trati musí být zcela obnoveno. Oprava proto potrvá mnohem déle, než se původně předpokládalo. Podle současného stavu znalostí činí škoda přibližně 100-130 milionů švýcarských franků (také EUR). V tunelu pracuje denně v obtížných klimatických podmínkách až 80 zaměstnanců a dodavatelů SBB. Oprava pouze mnoha poškozených míst by se rovnala záplatování. V důsledku toho bude nutné vyměnit kolejnice na celé trati, více než 20 000 pražcových bloků a vrstvu betonu, v níž jsou uloženy. Kromě toho bude nutné vyměnit poškozenou kolejovou výhybku, dvě vysokorychlostní výhybky a mnoho dalších součástí bezpečnostního a provozního systému.
Od změny jízdního řádu 10. prosince 2023 hodlá SBB zvýšit kapacitu pro nákladní dopravu v týdnu a pro osobní dopravu o víkendech. Od pondělí do čtvrtka budou všechny trasy vlaků Gotthardským základním tunelem nadále k dispozici pro nákladní dopravu, zatímco od pátku do neděle večer budou tunelem jezdit smíšené nákladní a osobní vlaky. Tímto způsobem se SBB snaží maximalizovat výhody pro zákazníky z nákladní i osobní dopravy: V nákladní dopravě bude zajištěna potřebná kapacita pro tranzitní a vnitrostátní dopravu a zároveň bude moci Gotthardským tunelem o víkendech projíždět výrazně více a rychleji osobních vlaků než v současnosti. Přesná koncepce se v současné době dokončuje a podléhá bezpečnostnímu schválení Spolkového úřadu pro dopravu (FOT). SBB oznámí přesné spoje na konci listopadu 2023, poté budou k dispozici v online jízdním řádu.
Další informace se očekávají v prvním čtvrtletí roku 2024. Gotthardský základní tunel je nejdelším železničním tunelem na světě a klíčovou severojižní spojnicí Švýcarska a Evropy.