Operaci dohlíží Ministerstvo národní obrany a je součástí plánu federální vlády rozšířit role železnice nad rámec osobní dopravy.
Nákladní doprava je zajišťována flotilou lokomotiv Wabtec ES44AC o výkonu 4 500 hp. Lokomotivy s označením TMY 2004, 2005 a 2006 byly nasazeny pro spojovací manévry a počáteční umístění intermodálních platforem.
Nákladní vlaky jsou vybaveny evropským systémem řízení železničního provozu (ERTMS), který umožňuje provoz vedle stávající infrastruktury pro osobní dopravu. Cílem integrace je umožnit koordinované využívání trati při zachování společných bezpečnostních standardů.
Zkušební jízdy se provádějí v noci na úseku vedoucím do Tenosique. Součástí těchto jízd je i umístění prvních plošin, které budou sloužit k zahájení pravidelné nákladní dopravy.
Projekt Maya Train se rozprostírá po celém poloostrově Yucatán a byl vyvinut především jako železnice pro přepravu osob. Zavedení nákladní dopravy přidává koridoru logistickou funkci a propojuje průmyslové lokality a přístavy v jihovýchodním Mexiku.
