Od 1. dubna 2025 zavedeRegioJet novou příměstskou železniční linku S61 mezi pražským hlavním nádražím a Úvaly.
Nová linka S61 bude ve špičkách pracovních dnů jezdit v intervalu 30 minut a mimo špičky každou hodinu. O víkendu bude jezdit každou hodinu a bude prodloužena z pražského hlavního nádraží do Prahy-Vršovic. Zastávky na trase jsou Praha-Libeň, Praha-Kyje, Praha-Dolní Počernice, Praha-Běchovice, Praha-Běchovice střed, Praha-Klánovice a Úvaly. Tato trať by měla odlehčit přetíženým trasám na východním koridoru z centra Prahy.
Zpoždění dodávek nových elektrických jednotek ovlivnilo také provoz na stávající městské železniční lince S49, která spojuje Prahu-Hostivař přes Prahu-Libeň a Prahu-Holešovice do Roztok u Prahy. Od 15. prosince 2024 převzal tuto dopravu RegioJet, který dočasně využívá motorové vlaky pronajaté od provozovatele Arriva. Od 1. dubna 2025 začne také plánované zavádění nových třívozových elektrických vlaků Pesa na lince S49, vlaky jsou již ve zkušebním provozu.
Společnost RegioJet získala provoz na linkách S61 a S49 na základě veřejné soutěže, která se konala v roce 2021, a to na dobu 15 let. Zpoždění povolovacího procesu vlaků Pesa pro českou železniční síť mělo za následek odklad přibližně o tři a půl měsíce. Organizátor Pražské integrované dopravy, společnost ROPID, oznámil společnosti RegioJet smluvní pokuty ve výši až 292 500 EUR kvůli opožděnému zahájení provozu na trati S61.
