Audit zjistil, že některé projekty se opozdily o několik let, což mělo významný dopad na růst nákladů. Například u rekonstrukce 59 prioritních projektů, které jsou považovány za klíčové pro zajištění strategických cílů a mezinárodních závazků, předpokládalo MO v roce 2013 náklady ve výši 226,5 mld. Kč, současný odhad je však již 441 miliard Kč, tj. o 95 % vyšší. Ve stanoveném termínu bylo dokončeno pouze 9 z 39 definovaných projektů, tj. necelá čtvrtina.
Zpoždění se týká i projektů transevropské dopravní sítě, což hrozí ohrožením cíle stanoveného nařízením EU, podle něhož mají být tratě hlavní transevropské sítě modernizovány do roku 2030. Mezi ně patří tratě Brno - Přerov a Praha - Kladno s napojením na Letiště Václava Havla v Praze.
Modernizace trati Brno - Přerov má být dokončena v roce 2031, což je oproti původnímu plánu zpoždění o šest let. Dokončení trati Praha - Kladno s napojením na Letiště Václava Havla Praha se odkládá o čtyři roky na rok 2029. Náklady na modernizaci dvou etap této trati stanovily SŽ aktuálně na 42,7 miliardy korun, což je o 13,1 miliardy korun více oproti původním předpokladům. Důvodem je mimo jiné změna technického řešení ražených tunelů nebo vytvoření nových podjezdů.
Správa železnic s tím však nesouhlasí:
"Bohužel musíme konstatovat, že audit porovnával nesrovnatelné veličiny z hlediska rozsahu činností a stavebních prací, z hlediska časového, rozsahu technického řešení a skutečných cen. V některých případech byla současně realizována technicky náročnější, a tedy i nákladnější řešení realizace prací," oponuje Správa železnic.
Podle NKÚ existuje vzhledem k 95% nárůstu nákladů na prioritní projekty riziko, že se nepodaří zajistit dostatek peněz na dokončení všech těchto projektů.
NKÚ podrobně prověřil 15 ze 156 projektů zaměřených na rekonstrukci, modernizaci, revitalizaci a zvýšení traťové rychlosti. Hodnota kontrolovaných projektů dosáhla téměř 105 miliard korun. U sedmi z kontrolovaných projektů došlo ke zpoždění územního nebo stavebního řízení, protože SŽ předložily neúplnou žádost a řízení muselo být přerušeno. Nejčastěji chyběl souhlas vlastníků pozemků dotčených stavbou. Například u projektu "Revitalizace trati Rokycany - Nezvěstice" trvalo územní řízení téměř čtyři roky.
Z patnácti kontrolovaných projektů jich pět dosud splnilo cíle zvýšení rychlosti na trati nebo zkrácení jízdní doby. Dva projekty zatím cíle nesplnily a zbývajících osm nebylo možné ověřit, protože ještě nebyly dokončeny.
